Probleme beim systemischen Denken sind die Gefahr der Resignation angesichts der nicht erfassbaren und nicht handhabbaren Komplexität und der Verweis auf die jeweils nächsthöhere Systemebene um die eigene (wenngleich relativ geringe) Verantwortung an das Netzwerk abzugeben. Dieser Reflex ist vor allem in der Umweltpolitik zu beobachten. Es wird argumentiert, dass das eigentliche Problem doch wohl auf einer Ebene darüber zu suchen sei - und bleibt damit ungelöst.

Eine kybernetische Darstellung der Systemzusammenhänge sollte dazu dienen, die eigenen Handlungsoptionen aufzuzeigen und gleichzeitig verdeutlichen, an welcher Stelle eben keine Verbindungen bestehen! Beispiel von Eckhard Kraft: Bürger kritisieren an der Kommunalpolitik, dass doch bitte erstmal die Dächer der lokalen Unternehmen mit PV ausgestattet werden sollen - die Kommune habe darauf aber keinerlei Einfluss. Die Kommune solle also dort handeln, wo sie selbst direkt etwas bewirken kann.